Tiếp nối truyền thống của các vị vua Macedonia, Cleopatra đã cai trị Ai Cập và các vùng lãnh thổ khác như Cyprus với tư cách là một quân chủ chuyên chế và giữ vai trò như là nhà lập pháp duy nhất của vương quốc.[335] Bà còn là người đứng đầu về tôn giáo trong vương quốc của mình, chủ trì toàn bộ các nghi lễ tôn giáo dành cho những vị thần của cả Ai Cập và Hy Lạp.[336] Bà đã giám sát quá trình xây dựng những ngôi đền khác nhau dành cho các vị thần Ai Cập và Hy Lạp,[337] một giáo đường cho người Do thái ở Ai Cập và thậm chí đã xây dựng Caesareum của Alexandria dành cho giáo phái thờ cúng thuộc về người bảo trợ và người tình của bà, Julius Caesar.[338][339] Cleopatra đã trực tiếp tham gia vào các công việc nhà nước trong lãnh thổ của bà,[340] giải quyết các cuộc khủng hoảng như là nạn đói bằng việc ra lệnh phân phát lương thực trong các kho thóc của hoàng gia cho những người dân đang đói khát trong một thời kỳ hạn hán vào đầu triều đại của bà.[341]Mặc dù nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung mà bà đã quản lý lại mang tính lý tưởng nhiều hơn là thực tế,[342] chính quyền đã cố gắng áp đặt việc kiểm soát giá cả, thuế quan và sự độc quyền của nhà nước đối với các loại hàng hóa nhất định, ấn định tỉ giá hối đoái cho các loại ngoại tệ cũng như những luật lệ cứng rắn ép buộc người nông dân không được rời khỏi làng của họ trong mùa gieo trồng và thu hoạch.[343][344][345] Những khó khăn hiện rõ về tài chính đã dẫn đến việc Cleopatra phải làm giảm giá trị tiền xu của bà, vốn bao gồm tiền bạc và đồng nhưng lại không có tiền xu bằng vàng giống như của một số vị tiên vương Ptolemaios của bà.[346]